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システム設計は概念設計・基本設計・詳細設計からなる。それぞれユーザー企業・インテグレーション企業・開発企業が主導権を持ち協力して設計を行う。概念設計とは目的を設計すること。販路の拡大や流通の効率化、人事評価の統一などユーザー企業が何を目的でシステムを導入するかということである。基本設計は手段を設計する。オンラインショッピングのサイトを立ち上げたり、統一した相互管理システムを構築したり、目的を達成する為の手段をユーザー企業とインテグレーション企業が考えることである。詳細設計は目的を実現する為のシステムの設計である。インテグレーション企業と開発企業が設計を行う。
関連してユーザー企業がベンダー企業の選定の際に大事なことは、概念設計を明確に持つことと、基本設計を考えておくか基本設計からベンダー企業に任せるかを明確にしておく。そうでないとベンダー企業選定の基準が不明瞭になる恐れがある。